El proyecto del programa de Ingeniería Mecatrónica de la Universidad Nacional de Colombia, se presentó por primera vez en abril 30 de 1997, al Consejo de Facultad de Ingeniería, titulado "PROYECTO DE CREACIÓN DE LA CARRERA DE INGENIERÍA MECATRÓNICA", para su debido análisis, ya que "se considera que es una oferta académica sensible a las necesidades del desarrollo del país" y que como propuesta académica se debe promover dentro del marco institucional.

Durante los años 1997 a 2000 se dieron diferentes acciones de análisis, debate, modificaciones y mejoramiento del proyecto en comisiones creadas para tal fin, en el comité de coordinadores curriculares y en el Consejo de Facultad, por su carácter interdisciplinario también fue presentado al Consejo de Facultad de Ciencias buscando su apoyo para la presentación como un proyecto conjunto con Ingeniería. Una vez aprobado el proyecto a nivel de facultad se trasladó para su trámite a través de instancias como la División de Programas Curriculares, el Consejo de Sede y finalmente el Consejo Académico quien le dio su aval como un proyecto de la Universidad mediante los Acuerdos 14 y 15 de Agosto de 2001.

En el semestre 2 de 2001 se hizo la primera convocatoria de estudiantes e inició actividades académicas el semestre 1 de 2002.