El Consejo de Facultad, es su máximo órgano de dirección y, entre otras funciones, establece y aplica sistemas de evaluación de los programas académicos y del personal adscrito a la Facultad, aprueba planes de investigación, evalúa y aprueba actividades de extensión universitaria, aplica el reglamento estudiantil, estudia y recomienda la firma de convenios o contratos de asistencia científica, atiende lo relacionado con las políticas de Bienestar Universitario y expide su propio reglamento, entre otras actividades.

El Consejo de la Facultad de Medicina está integrado por:

• El Decano, quien lo preside.
• El Vicedecano quien lo presidirá en ausencia del Decano.
• Un profesor de carrera, que tenga al menos la categoría de asociado, elegido por el personal docente de carrera de la Facultad.
• Un estudiante de pregrado elegido por los estudiantes de pregrado de la Facultad.
• Un estudiante de posgrado elegido por los estudiantes de posgrado de la Facultad.
• Un egresado de la Universidad Nacional de Colombia, que no tenga la calidad de profesor de la Universidad, postulado por las asociaciones de egresados, por las academias o por las asociaciones de profesionales afines con la Facultad, legalmente constituidas. Será elegido por el Consejo de Sede de terna presentada por el Consejo de Facultad, según reglamentación que expida el Consejo Superior Universitario.
• Un profesor de carrera perteneciente a otra Facultad, que tenga al menos la categoría de profesor asociado, delegado por el Consejo Superior Universitario, elegido de terna enviada por el Rector.
• Los Directores de Unidades Académicas Básicas. Tres como máximo, elegidos entre ellos, en las Facultades donde existan más de tres Unidades Académicas Básicas.
• Los Directores de Programas Curriculares. Tres como máximo, elegidos entre ellos, en las Facultades donde existan más de tres programas curriculares.
• El Director de Bienestar de la Facultad.
• Actuará como secretario, el Secretario de la Facultad.
• Los miembros del Consejo de Facultad serán designados para periodos de dos años y permanecerán en sus funciones mientras tengan las calidades correspondientes.