La Decanatura de la Facultad de Medicina es la máxima dependencia de la Facultad.

Responde por la administración y buen funcionamiento de los programas curriculares que se impartan en la Facultad. Vela por el cumplimiento de los objetivos de los programas de investigación y extensión. Orienta las acciones de la Facultad promoviendo la integración de la docencia, la investigación, la extensión, la interdisciplinariedad y los altos niveles de calidad en las actividades misionales de la Universidad. Asegura el cumplimiento y ejecución de todas las normas, reglamentos, políticas y directrices en todas las materias de naturaleza académica, financiera y administrativa, trazadas por el Consejo Superior Universitario, el Consejo Académico, el Rector y demás autoridades de la Universidad.

El Decano. Es la autoridad responsable de la dirección académica y administrativa de la Facultad. Representa al Rector ante la misma y a la Facultad ante la Universidad.